El espacio, ubicado a pasos de la plaza Baquedano, ha intentado ser recuperado en múltiples ocasiones sin éxito. En junio del año 2016, la rotura de una matriz de Aguas Andinas inundó el museo. Si bien se hizo una restauración de los muros que concluyó en octubre de 2018 y que costó más de 102 millones de pesos, otra inundación se volvió a repetir en octubre de 2019 por la misma razón.
Según el académico de la escuela de Arquitectura de la Universidad Católica y experto en patrimonio, Dino Bozzi, la decisión de enterrar el museo tendría como razón proteger los tajamares, muros de ladrillo que contuvieron las crecidas del Mapocho en el siglo XVIII. "Los tajamares son un hallazgo arqueológico. Enterrar los monumentos arqueológicos es un modo de protegerlos ante la situación que estamos viviendo, particularmente a unas cuadras de la plaza Baquedano, ya que están sometidos a una presión ambiental, por así decirlo, muy fuerte", explicó.
Sin embargo el arquitecto añade que "si el municipio lo cubrió para tapar la historia, porque no tuvieron la capacidad para restaurar el museo, me parecería inaceptable". En caso de que el museo sea restaurado en el mismo espacio, Bozzi afirma que una posible solución para evitar que vuelva a inundarse, sería analizar a Joaquín Toesca, autor de los Tajamares. "Él entendió que hubo una inundación que destruyó los tajamares anteriores y construyó una nueva estructura adecuada para una cierta condición hidrográfica, climática, territorial y urbana" dijo.
El secretario técnico del Consejo de Monumentos Nacionales (CMN), Erwin Brevis detalló que los Tajamares del Mapocho representan una obra de ingeniería en la era colonial. "Los tajamares dan cuenta de la alta calidad del trabajo que se realizó en el siglo XVIII, que dio tranquilidad a los santiaguinos ante las desastrosas crecidas del Mapocho. El museo es un buen ejemplo de la complejidad y los desafíos que reviste la conservación in situ y la habilitación museológica de los bienes arqueológicos", explicó.
Con respecto a la decisión tomada por el municipio, el funcionario valoró las medidas preventivas.
La Municipalidad de Providencia declinó referirse sobre las próximas acciones de este bien patrimonial.